Misiņa bibliotēka ir vecākā un pilnīgākā latviešu literatūras krātuve, un tās dibinātājs ir izcilais latviešu bibliofils un bibliogrāfs Jānis Misiņš (1862-1945). Par Misiņa bibliotēkas dibināšanas dienu uzskata 1885. gada 19. septembri, kad J. Misiņš saņēma Vidzemes gubernatora atļauju savās tēva mājās "Krācēs" atvērt privātu bibliotēku. Faktiski J. Misiņš bija sācis izsniegt grāmatas lasīšanai apkārtējiem iedzīvotājiem jau vairākus gadus agrāk. Ir saglabājies ap 1890. gadu tapušais "Rādītājs par Krāces J. Misiņa grāmatu krātuvi", kurā atzīmēti bibliotēkas pirmie 500 sējumi. Grāmatu sarakstā ir daudzi reti izdevumi, kas nebija sevišķi piemēroti lasīšanai lauku ļaudīm, bet bija labs pirmsākums latviešu zinātniskās bibliotēkas izveidei, piemēram, G. F. Stendera "Lettische Grammatik" un "Lettisches Lexikon", K. Valdemāra un G. Merķeļa raksti vācu valodā u. tml. izdevumi. 1892.  gadā J. Misiņš ar visu bibliotēku ierodas Lejasciemā un blakus bibliotēkai atver grāmatu un kancelejas preču tirgotavu. Lejasciemā bibliotēkas grāmatu skaits pieaug no 500 līdz 5 000 sējumiem. 1906. gadā J. Misiņš ar daļu savas bibliotēkas pārceļas uz Rīgu, bet daļu grāmatu atstāj "Krācēs".  J. Misiņš turpina vākt visu, kas rakstīts latviski un par Latviju. Jau šajā laikā Misiņa bibliotēka ir izaugusi par plašāko latviešu grāmatu krātuvi. Pirmā pasaules kara laikā daļa grāmatu, iesaiņota kastēs, glabājas Sv. Jura hospitāļa pagrabos. No 1919. līdz 1921. gadam J. Misiņš ar savu bibliotēku mitinās pāris dzīvokļos Skolas ielā 25. Taču arī šeit visām grāmatām vietas nepietiek. Nodibinoties neatkarīgai Latvijas Republikai, pieaug Latvijā iespiesto grāmatu skaits. Nepieciešamo bibliotēkas paplašināšanu apgrūtina J. Misiņa ierobežotie materiālie līdzekļi. 1924. gada 22. decembrī Rīgas pilsētas valde izskata J. Misiņa priekšlikumu par bibliotēkas nodošanu Rīgas pilsētai, 1925. gada 1. decembrī tiek noslēgts attiecīgais līgums, bet bibliotēku pēc nodošanas Rīgas pilsētai oficiāli atklāj tikai 1928. gada  2. martā. Par bibliotēkas vadītāju pēc J. Misiņa ieteikuma ieceļ pazīstamo literātu Kārli Egli. Pilsētai nodoto krājumu inventāra grāmatā ir 28 000 ierakstu. Tajā laikā Misiņa bibliotēka kļūst par ievērojamu kultūras centru. Tās lasītāji bijuši gandrīz visi tā laika izcilākie latviešu rakstnieki, mākslinieki, zinātnieki. To vidū - Rainis, J. Jaunsudrabiņš, A. Čaks, J. Endzelīns, P. Stradiņš un daudzi citi. Kultūras un sabiedriskie darbinieki Misiņa bibliotēkai dāvina grāmatas, rokrakstus un pat veselus arhīvus. No 1932. gada bibliotēka sāk saņemt iespieddarbu obligāto eksemplāru. K. Egle papildina bibliotēkas fondus arī ar Padomju Savienībā 20.-30. gados izdotajām latviešu grāmatām un periodiskajiem izdevumiem. 1941. gada 3. aprīlī Misiņa bibliotēka jau ar 65 000  sējumiem no Rīgas pilsētas valdes pakļautības pāriet Izglītības Tautas komisariāta pārziņā. 1945. gada vasarā bibliotēka pārceļas uz jaunām telpām Skolas ielā  3. Telpas ir pietiekamas tobrīd fondos esošajiem 77 000  eksemplāriem. 1946. gada 5. jūnijā ar Latvijas PSR Ministru Padomes lēmumu Misiņa bibliotēku nodod jaundibinātajai Latvijas PSR Zinātņu akadēmijai. 1954. gada janvārī, lai koordinētu un uzlabotu Fundamentālās bibliotēkas un Misiņa bibliotēkas darbu, racionālāk izmantotu darbaspēku un līdzekļus, abas bibliotēkas administratīvi apvieno (nesapludinot fondus), un Misiņa bibliotēka iegūst oficiālo nosaukumu "Latvijas PSR Zinātņu akadēmijas Fundamentālās bibliotēkas J. Misiņa Latviešu literatūras nodaļa". 1992. gadā Misiņa bibliotēka kļūst par bibliotēku bibliotēkā. Tās nosaukums šodien - Latvijas Universitātes Akadēmiskās bibliotēkas Misiņa bibliotēka.